木ノ葉隠れの里の暗部養成部門「根」創設者であるダンゾウは、うちはシスイや一族の写輪眼をいくつも所有していました。
それは外伝「七代目火影と緋色の花つ月」で明らかになった通り、大蛇丸の協力を経て移植されたものです。

ダンゾウが「あやつ…ワシと大蛇丸の関係を知っているやもしれん」とカブトからの情報流出を危惧していたように、移植が秘密裏に行われていたことは明白でしょう。

大蛇丸は、かつて「根」に所属していたことがカブトの回想から明らかになりました。
また、大蛇丸はダンゾウと共に柱間細胞を研究していたり、ダンゾウが大蛇丸を火影に推薦していたりと、信頼関係があったことが窺えます。
では、2人は仲間だったのでしょうか？…

2人が同じ目的を持って行動していたのは、写輪眼に関する研究と「木ノ葉崩し」の2つのみです。
ダンゾウは里を守ることを第一に考えていましたし、里を壊滅しようとする大蛇丸と本気で仲間になるとは考えにくいです。

お互いの利害関係が一致していた時だけ、協力していたと考えるのが妥当でしょう。
では、その利害関係とはなんだったのでしょうか？…

大蛇丸は、写輪眼の研究を長くに渡り研究しており、実践できる実験体が必要だったはずです。
一方ダンゾウは、火影になるべくシスイの瞳術で他人を操ったり、写輪眼を使って力を得る必要がありました…
そのため、大蛇丸の研究に協力していたのでしょう。

次に、木ノ葉崩しです。
ダンゾウには自らが火影になる機会が必要であり、三代目火影・ヒルゼンの存在が邪魔でした。

また、大蛇丸は文字通り木ノ葉を壊滅させたいという理由がありました。
綱手いわく、ダンゾウは「ガチガチな合理的思考に基づく強硬・武闘派路線の主導者です。
自分の目的にさえ合致していれば手段を問わないため、里と敵対している大蛇丸とでさえ、手を組んでいたと考えられます。