「嵐を呼ぶ男」の異名を持つ滝沢昇は、問題を起こしては次々と転校を繰り返す謎の高校生。
その正体は秘密教育委員会の父と共に、問題のある悪の学校に転校しては、その謀略を叩き潰す正義の男でした。

そして、歩く学園との戦いで重傷を負った父親に代わり、秘密教育委員会の一員となった昇は、悪の組織である裏の教育委員会との戦いに身を投じるというのがあらすじです。

果たして勝つのは正義か悪か…
最終回はどのようなエンディングを迎えるのでしょうか。

秘密教育委員会の指令で、ジャッカル高校に転校した滝沢。
そこで滝沢の心の師である「かっ色のおじさん」に出会います。

しかし、彼こそが裏の教育委員会会長・伊吹一番でした。
滝沢にとって伊吹は倒すべき敵であると同時に心の師です。

戦いたくない気持ちを棚に上げ、秘密教育委員会の使命を果たすため、伊吹に決死の戦いを挑みました。

しかし、滝沢と伊吹の実力差は歴然。
伊吹の前に為す術もなく打ちのめされる滝沢。

けれども、滝沢もただではやられていませんでした。
伊吹に倒される度に、滝沢の成長を表す背中の数字が4から5、5から6へと上がり、やられながらも一歩ずつ成長していたのです。

そしてついに滝沢99となり伊吹と互角に戦えるまでになったのです。
そして迎えた100戦目。
滝沢は滝沢100となるべく全力で伊吹にぶつかり、ついに伊吹に勝利するのでした。

滝沢の強さを称え負けを認めた伊吹の前に、ジャッカル高校の校長が現れ、裏の教育委員会の権利を伊吹から奪ってしまいます。
しかし、それは滝沢にとっては好都合。
遠慮なく校長を倒し、裏の教育委員会を壊滅させることに成功するのでした。

その後、滝沢は海外の裏の教育委員会支部を壊滅させるため渡米。
そして2年後。

長く孤独な戦いも終わり、1人帰国する滝沢。
そんな彼を待っていたのは家族やゆかり、そして共に戦った仲間たちでした。

ラストは伊吹の後任の裏の教育委員会会長を倒して大団円。
最終回「さらば！また会おう！滝沢昇の栄光よ、永遠に！！」です。