倒産寸前のみどり牧場で誕生した醜い子馬。
一旦はロバと間違われて捨てられそうになりますが、その才能を見抜いた調教師の飯富昌虎により、競走馬ミドリマキバオーとしての道を歩み出します。

恩人であるネズミのチュウ兵衛親分や騎手の山本菅助との出会い、ライバル・カスケードらとの闘いを通じて日本最強馬に上り詰めたマキバオーは、世界最強とよばれる聖馬エルサレムが待つドバイＷＣに挑戦するというのが最終回までのあらすじ。

マキバオーが敗北したドバイＷＣの悪夢の記憶も薄れた頃、日本の競馬界は第1回ジャパンチャンピオンシップの話題で持ちきりでした。
その中心にいるのは、最強の名を欲しいままにするブリッツです。

レースが開幕し、出走馬が次々と入場。
その中には、ドバイでマキバオーを倒した聖馬エルサレムの姿もありました。

そして、6枠12番で入場してきた小さな馬こそマキバオーでした。
ドバイの転倒で足を骨折したマキバオー。
けれども、飯富源次郎の必死の訴えにより手術を受け、長く苦しい治療の末に復活を果たしたのです。

ゲートが開き、先頭に立ったのは、あのベアナックルでした。
3コーナーを過ぎ、疲れが見えるべアナックルにエルサレムが並びます。
しかし同時に、ブリッツも中団から飛び出してきました。

先行する3頭。
しかし、最後の直線で1頭の馬が追い付いてきたのです。

それは最後まで勝負を捨てないマキバオーでした。
この時を待っていたエルサレムとブリッツの表情が歓喜に変わります。
4頭はいずれも譲らずゴールを通過しますが、わずかにブリッツが抜け出してレースは決着しました。

レースからしばらくして、みどり牧場ではマキバコが産んだ、マキバオーそっくりな子馬が、祖母ミドリコに見守られながらゆっくりと成長していたのです。

結局、マキバオーは勝つことができませんでした。
しかし、その血統と挑戦する心は、確かに次世代に受け継がれていたのです。
全16巻の最終回「終わらない！！」でした。